公司动态
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1. 引物/探针设计一般原则
RPA扩增片段大小：最佳扩增片段120-150bp，首次筛选建议设计上下游引物各4条，共16种组合。
引物设计建议方法：RPA核酸扩增技术对引物设计的要求与常规PCR引物设计有一定的区别。由两条寡核苷酸组成一对引物，分别特异性识别一个核酸目标物的上下游核苷酸序列；引物长度在28-32 nt之间，序列中无回文序列、连续单碱基重复序列和内部二级结构区；引物Tm值、GC含量不作为设计时主要考虑因素；最佳引物对需通过试验优化筛选得到，要求其扩增产物为单一条带，无非特异性扩增和明显的引物二聚体。
探针设计建议方法：探针序列长度在43-50nt之间，序列避免回文序列、内部二级结构和连续的重复碱基；共有四个修饰位点，距离5’端的≥25nt的中部位置标记一个dSpacer（四氢呋喃，THF）作为核酸外切酶的识别位点；THF位点的上游标记一个荧光基团，下游标记一个淬灭基团，两个基团的间距为2-4 nt，THF 距离3’末端≥14nt；3’末端标记一个修饰基团，例如胺基、磷酸基团、生物素、生物素-TEG 或C3-spacer。
建议用DNAMAN等软件查看探针和引物的二级结构。
2. 引物探针设计示范
待扩增的目的片段：（注：双下划线标示的上下游引物区域GCACGAGGAAGCGGTCA和ATGGGTCACGACGAGATCCT来自参考文献）
TGATGGCAGGTTGGGCGTCGCTTGGTCGGTCATTTCGAACCCCAGAGTCCCGCTCAGAAGAACTCGTCAAGAAGGCGATAGAAGGCGATGCGCTGCGAATCGGGAGCGGCGATACCGTAAAGCACGAGGAAGCGGTCAGCCCATTCGCCGCCAAGCTCTTCAGCAATATCACGGGTAGCCAACGCTATGTCCTGATAGCGGTCCGCCACACCCAGCCGGCCACAGTCGATGAATCCAGAAAAGCGGCCATTTTCCACCATGATATTCGGCAAGCAGGCATCGCCATGGGTCACGACGAGATCCTCGCCGTCGGGCATGCGCGCCTTGAGCCTGGCGAACAGTTCGGCTGGCGCGAGCCCCTGATGCTCTTCGTCCAGATCATCCTGATCGACAAGACCGGCTTCCATCCGAGTACGTGCTCGCTCGATGCGATGTTTCGCTTGGTGGTCGAATGGGCAG
2.1 探针：首先确定探针的位置
GCAATATCACGGGTAGCCAACGCTATGTCCTGATAGCGGTCCGCCACAC
探针修饰：GCAATATCACGGGTAGCCAACGCTATGTCC [FAM-dT]G[THF][BHQ-dT] AGCGGTCCGCCACAC-C3 Spacer
说明：在T*T、T**T的T上标记FAM和淬灭基团，把两个T之间的一个碱基换成四氢呋喃THF，探针和扩增片段配对后，四氢呋喃处形成凸起，作为酶识别位点，在此处将探针切断，从而发出荧光。
探针有3个修饰位点：dSpacerInt 6-FAM-dT，Int BHQ1 dT，3' C3 Spacer
2.2上游引物：
Primer-F-1：GTCAAGAAGGCGATAGAAGGCGATGCGCTG
Primer-F-2：CGATGCGCTGCGAATCGGGAGCGGCGATAC
Primer-F-3：CGATACCGTAAAGCACGAGGAAGCGGTCAG
2.3下游引物：
区域1：CATTTTCCACCATGATATTCGGCAAGCAGG
反向互补：Primer-R-1：CCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATG
区域2：GGCATCGCCATGGGTCACGACGAGATCCTC
反向互补：Primer-R-2：GAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCC
区域3：CACGACGAGATCCTCGCCGTCGGGCATGCG
反向互补：Primer-R-3：CGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTG
上下游引物Primer-F-1、Primer-F-2、Primer-F-3和Primer-R-1、Primer-R-2、Primer-R-3共有9种组合，可从中筛选出较优引物对。
示例：
一条探针搭配不同引物的扩增效率对比（上下游引物各6条，36种组合）：
相关产品：
RPA试剂盒及试纸条系列：
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货号 |
产品 |
规格 |
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TABAS03KIT |
TwistAmp Basic Kit DNA扩增试剂盒 |
96T |
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TAEXO02KIT |
TwistAmp exo 试剂盒 |
96T |
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B8201C1 |
DNA恒温快速扩增试剂盒（DNA基础型） |
48T |
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B8202C3 |
DNA恒温快速扩增试剂盒（DNA荧光型） |
48T |
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B8203C5 |
DNA恒温快速扩增试剂盒（DNA试纸条型） |
48T |
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B8204C7 |
RNA恒温快速扩增试剂盒（RNA基础型） |
48T |
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B8205C9 |
RNA恒温快速扩增试剂盒（RNA荧光型） |
48T |
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B8206C0 |
RNA恒温快速扩增试剂盒（RNA试纸条型） |
48T |
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JY0209 |
双靶标HybriDetect侧向层析试纸条（彩虹型） |
50T |
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JY0201 |
单靶标HybriDetect侧向层析试纸条（彩虹型） |
50T |
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JY0307 |
CRISPR单酶切及扩增产物检测试纸条 |
50T |
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JY0301 |
CRISPR Cas12/13 HybriDetect试纸条 |
50T |
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JY0308 |
CRISPR双酶切检测试纸条（变色龙） |
50T |
Cas酶系列：
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货号 |
包装规格 |
中文名称 |
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32108-01 |
100 pmoL |
LbCas12a (Cpf1) |
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32108-03 |
1,000 pmoL |
LbCas12a (Cpf1) |
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32117-01 |
100 pmoL |
LwaCas13a (C2c2) |
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32117-03 |
1,000 pmoL |
LwaCas13a (C2c2) |
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32118-01 |
100 pmoL |
AapCas12b (C2c1) |
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32118-03 |
1,000 pmoL |
AapCas12b (C2c1) |
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32119-01 |
100 pmoL |
Un1Cas12f1 (Cas14a1) |
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32119-03 |
1,000 pmoL |
Un1Cas12f1 (Cas14a1) |
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32104-01 |
100 pmoL |
AsCas12a (Cpf1) |
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32104-03 |
1,000 pmoL |
AsCas12a (Cpf1) |
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32116-01 |
100 pmoL |
AacCas12b (C2c1) |
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32116-03 |
1,000 pmoL |
AacCas12b (C2c1) |
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32106-01 |
100 pmoL |
FnCas12a (Cpf1) |
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32106-03 |
1,000 pmoL |
FnCas12a (Cpf1) |
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32110-01 |
100 pmoL |
Lb5Cas12a (Cpf1) |
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32110-03 |
1,000 pmoL |
Lb5Cas12a (Cpf1) |
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32101-01 |
100 pmoL |
SpCas9 |
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32101-03 |
1,000 pmoL |
SpCas9 |
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32102-01 |
100 pmoL |
Sp-dCas9 |
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32102-03 |
1,000 pmoL |
Sp-dCas9 |
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32120-01 |
100 pmoL |
Sp-nCas9（H840A） |
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32120-03 |
1,000 pmoL |
Sp-nCas9（H840A） |
RPA 恒温扩增试剂盒 冻干微球实图：
